本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。...

曾经风光一时的黑帮头目宗形博也（哀川翔 饰），在一次组织对抗后受伤并被迫退出江湖。多年以来，他和结拜兄弟信也（RED RICE 饰）忍辱求生，并尽心照顾坐牢的兄弟武史（鹤见辰己 饰）的女儿日向（山本舞香 饰）。武史出狱，日向却和好友塞拉（水野绘梨奈 饰）出走跑到了钱荷岛。与此同时，岛上病毒性感冒流行，黑帮竹下组成员吉田明（宫川大辅 饰）盗取组织的违禁药物当作特效药在岛上兜售，谁知却令自己成为了可怕...